堆肥は、土壌が物理性、化学性、微生物性が改善されて、汚染された土壌の復元、作物が生育しやすい土壌にする。
中温性の細菌と糸状菌が有機物分解に関与、有機物が分解され、堆肥の温度40度以上に上昇
中温性微生物の活動は停止され、高温性微生物の活動を開始。温度は50〜80度を 続けて、材料のC/ N率は安定
分解速度が遅くなり、温度40度以下に低くなる。中温性の微生物が再定住は、主に放線菌が活動。難分解性有機物が安定されている期間に、初期および持続段階より長い。